日本的石器时代：史前史及神话里的古代史
高天原产生许多神，高天原下面是一团漩涡状的流体。这些神祇中的两位，男神伊奘诺尊与女神伊奘冉尊，被派去将流体变成土地。伊奘诺尊将他的矛浸入流体中，从矛上滴下的水滴凝结成淤能基吕岛（意为自然凝结成的岛）。这两位神祇降到岛上，并居于此繁衍后代。
神祇生下许多后裔，不仅有从阴道出生的，还有从身体其他部位出生的，甚至也有从粪便中出生的。火神是从阴道出生的，而伊奘冉尊在生产时被烧死了。
被逐出前，素盏呜尊至高天原探望姐姐天照大神。在他的建议下，他们生了若干小孩，但两位神祇为他的动机争吵。素盏呜尊便折磨姐姐天照大神。他摧毁她的田埂，在她宫殿的墙上涂抹粪便，并抓起一只剥了皮的野马投向她的小织屋，野马冲破了屋顶。天照大神退至洞穴里，整个世界陷入了黑暗。
其他神祇企图引诱她出来。他们在树上悬挂一面镜子与一条珠宝项链。然后一位女神跳舞，惹得其他神祇狂笑不已。天照大神听见笑声感觉好奇，便从洞穴里窥视，看见项链与镜子，然后出来察看。众神抓住她，用圆石头塞住洞穴入口。此后，素盏呜尊被逐离高天原。
日本的古代神线世纪晚期被记录下来，最后在712年以《古事记》、720年以《日本书纪》形式出现。天武天皇（673—686年在位）下令进行神话编纂工作，确立王室是神的后裔的说法，如此王室的至高无上就合法化了。
它们显示出以天照大神家系为代表的皇室与另一以出云作为、由素盏呜尊家系代表的敌对家族之间的冲突，该冲突因后者承认皇室的至高无上而告结束。这几乎是真实事件的反映。然而，这些史书的政治色彩贬低了出云的重要性。1984年，大量青铜剑在出云被发现，总共358把，暗示出云对敌对权力的实际威胁。这个数目比日本其他地方发现的古剑的总数还多。
残忍似乎很普遍。有一次，大国主命的兄弟劈开一棵树，用楔子顶住缺口，把他强行推入缺口，然后拿掉楔子，把他夹死了。也是基于纯粹的恶意，这些兄弟骗一只受伤的野兔到盐水中沐浴，然后躺着被风吹，身体因起泡而受苦。另一个故事描述一位王子用最鬼祟的方法，趁其兄正在大解时把他杀死，然后将其四肢扯下来丢弃。
世界其他地方的神话与古史中，并非没有这样的残忍行为。但日本神话的独特之处是避免做出善恶的道德判断，某些行为被责备、惩罚，但没有道德说教。举例来说，素盏呜尊只是因胡作妄为被驱逐，未被谴责为邪恶的。神祇与他们尘世的后代在道德水平上没有区别。行为依据情况被接受或否定，不是依据任何明显的普遍原则，这正是当今日本许多评论家评论行为的模式。这样的行为显然源远流长。
陶器可能暗示着定居的生活方式。这一时期，定居的确有所增加，尤其是约公元前5000年以后。群体也扩大成为较大的部落社区。迄今为止发现的最大绳文村落是在青森县三内丸山，该村落从公元前3500年至公元前2000年持续繁荣了约1500年，占地约0.4平方千米，最鼎盛期居民可能多达500人。甚至有学者认为，日本可能是早期文明的一个摇篮。
定居也和农业有关。在森林中辟地、焚烧的原始农业，可能早在公元前5700年就在日本西部存在。1997年，在北海道美美发现的似乎是史前农作社区的遗址。此遗址溯自公元前4000年左右，是日本的真正农作最古老的遗址。本时期末，约公元前1000年，稻米连同粟、大麦从大陆引进日本西南部，但未广泛种植。它们种植在旱田或沼泽地，而不是在水田。在这些作物引进之前，最重要的作物可能是紫苏与稗草。
许多绳文人居住在海岸，特别擅长利用海洋资源，从藻壳类至海洋鱼类。绳文人非常能适应这种生活，特别是在这一时代后半期，他们的骸骨显示出耳部保护结构的发展，有力地说明了他们定期且常常潜水。绳文人偏好居住海岸的原因是，约15000年前气候暖化（切断了陆桥），这也意味着海洋暖化与海洋资源的增加。如东京湾附近的横须贺市夏岛的大贝冢所证明的，几千年来藻壳类成为主要食物来源。
认为绳文时期是不变的单一整体是一种误导，因为依据地区与时期的不同，这一时期中存在很大区别。地区差异清楚地反映了当地的条件，产生了像东北海岸以深海渔业作为中心的次文化。时期的不同不仅反映气候的变暖与变冷，也反映新技术的发展。例如，麻布从约公元前5000年开始被制造，漆器从约公元前4000年开始被制造。
人口似乎也随着时间的推移而变化，其原因常常不清楚。虽然学者估计不同，但只是“最佳猜测”而已，本时代开始时人口大约是2万人，至约公元前5000年人口增至约10万人，至约公元前3000年，尽管气候变冷，人口仍然增加超过2倍，之后在本时代末再度回跌至约10万人。此外，到这一阶段，人口集中于北部与东北部，至于原因尚不清楚。
绳文人就整体来说被描述为身材矮小。专家们提供的身高数字彼此不同，引起了混淆，但一般来说绳文男性在本时代后期身高大约为157厘米，女性约148厘米。他们的身高与约公元前400年到来并开启新时代的弥生移民形成对比。弥生人大约比绳文人高3—4厘米，和20世纪初弥生人的现代日本人后裔没什么差别。
事实上，绳文人很像今日北海道的阿伊努人。这并不令人惊奇，因为体质人类学者的研究已经证实阿伊努人无疑是绳文人的后裔。这使他们和其他主要岛屿的现代日本人不同，后者继承弥生人的成分较多。不过，这是一个程度问题，日本43%的男性带有与绳文人基因相关的Y染色体，在南部地区，这个数字是25%，在北部地区是60%。我们还不清楚他们究竟何时来到日本、究竟从何而来，但是阿伊努人作为日本原住民确实拥有十分悠久的历史。
对于这批移民潮的性质、规模甚至动机、起源，学者们的意见极为分歧。①尽管确切情况不详，但清楚的是，新来者很可能最初抵达了九州西北部，并且彻底改变了日本的面貌。从遗传学上看，现代日本54%的男性和66%的女性显示出中国和朝鲜血统，这即是对这次移民潮的反映。在实物证据上，这个时期的朝鲜和中国手工制品均有发现。
如青铜与铁的传播一样，稻作的传播反映出移民可能的移动。至公元1世纪左右，稻作从西南部相当迅速地传播至本州中部，但进一步向北传播则较缓慢。虽然稻作、青铜及铁从早期阶段就已存在于北部，但并未被大规模采用，而北部直至8世纪，甚至更晚仍停留在绳文阶段。简言之，北部与南部之间存在着巨大的文化差异——今日北海道阿伊努人的存在仍象征着该差异。
日本出产有限的金属矿，因此金属用具一般和高地位有关。然而，持有金属的“象位的物品”并不是当时社会愈来愈阶层化的唯一因素。如同大多数的农业发展一样，稻作引起社会内部资源基础的缩小，使社会精英较容易控制社会资源。稻作也导致较永久的定居、较广泛的领土确认，以及保卫且扩大边界的需要，特别是当人口增至约200万时。战争随之增加，持有金属武器加上有能力号召战士的人，他们的社会地位进一步提升。当然，部落之间战争愈来愈频繁，使得各部落依据战斗胜负而排列等级。
加速阶层化的另一个因素是财富，特别是经商带来的财富。有些部落够幸运，在他们的领地内有金属资源。有些部落因新技术的发展获利，例如约公元1世纪起在九州生产的丝绸。玻璃技术与冶金也有所发展。产品多样化导致交易增加，包括与大陆之间的交易以及列岛内的交易，而且每一个区域都有一个市场。爱知县朝日，就是一个这样的交易中心，它是迄今为止发现的弥生定居地遗址中最大的，占地约0.8平方千米，而典型的定居地介于0.02—0.28平方千米之间。
对于这些小王国的知识，如同我们对于弥生时代的了解，大都来自中国文献。有关日本的最早文字记载，从大约公元82年成书的《汉书》里可以找到。《汉书 地理志》提到由100个王国组成的倭地（早期中国史书称日本为“倭”），倭人定期携贡物来汉朝在朝鲜的领地乐浪郡（建立于公元前108年）朝贡。较详细的描述可以在公元297年成书的《三国志 魏书》里找到，《魏书 东夷传》也记载了当时的朝鲜、中国的东北地区。
《魏书》描写魏使臣在公元240年访倭地，对100个倭国中最强大的邪马台国描写得最为详细。邪马台国由一个未婚的巫术女王卑弥呼统治。她是一个在多年战争后获得权力、“事鬼道能惑众”的谜样人物。她定居在城堡里，由100名男子守卫，1000名婢女、1名男子服侍。她通过这名男侍和外界沟通。她关切灵界的事，把统治的行政事务交给其弟。
依照至少公元57年以来有些倭国统治者遵守的习惯，卑弥呼在238年派遣朝贡团来魏。结果，像那些倭国统治者一样，她的统治地位获得魏的承认。然而，和其他倭国统治者不一样的是，她似乎被承认为整个倭地的统治者，而不仅是倭地之中一个王国的统治者而已。她也获得魏帝赠送的礼物，包括衣料、珠宝及镜子。她送给魏帝的礼物包括奴隶、衣料及朱砂。